As diferenças do desenvolvimento sexual ovário-testicular e 46,XX testicular (DDS-OT e DDS-T) são condições extremamente raras, cuja etiologia não foi completamente elucidada. Desta forma, ainda que todas as causas conhecidas tenham sido investigadas, muitos indivíduos permanecem com etiologia desconhecida. O objetivo deste estudo foi realizar uma investigação citogenômica de indivíduos com DDS-OT e 46,XX DDS-T. A amostra consiste em 22 indivíduos, dos quais 15 possuem DDS-OT (Grupo I) e sete DDS-T (Grupo II), que foram atendidos pelo Grupo Interdisciplinar de Estudos da Diferenciação e Determinação Sexual (GIEDDS) no Hospital das Clínicas da Unicamp entre 1989 e 2024. Eles foram investigados por Cariotipagem por bandamento G, Análise Cromossômica por Microarray (CMA), Sequenciamento do Genoma Completo (WGS) e Mapeamento Óptico do Genoma (OGM). Para o Grupo I, quimerismo foi encontrado em quatro indivíduos e mosaicismo em três. Um indivíduo apresentou uma inversão pericêntrica do cromossomo X, em que um dos pontos de quebra foi mapeado próximo ao gene SOX3. Os demais indivíduos apresentaram cariótipo normal. Para um indivíduo 46,XX a CMA detectou uma duplicação sobreposta à SOX3. Para um indivíduo 46,XY a CMA e WGS detectaram um rearranjo próximo ao gene VAMP7. A análise de variantes de sequência detectou variantes em heterozigose em outros cinco indivíduos 46,XX nos genes RSPO1, CCN5, ADAMTS7, ZDHHC1 e USP36. No Grupo II, a CMA identificou, em cinco indivíduos criados no sexo masculino, um rearranjo envolvendo diferentes regiões de Yp, incluindo SRY. Dois deles apresentaram baixa estatura, com integridade do gene SHOX e deleção do gene ARSL. Para os outros dois indivíduos, um criado no sexo masculino e o outro no sexo feminino, não foi detectada presença do gene SRY por CMA. Para o indivíduo criado no sexo feminino, as análises de CMA, WES e OGM não evidenciaram presença de variantes estruturais ou de sequência clinicamente significativas. Portanto, a causa genética foi elucidada para nove indivíduos com DDS-OT e para cinco indivíduos com 46,XX DDS-T, enfatizando a necessidade de estudos moleculares adicionais.