As infecções fúngicas emergiram como uma ameaça crescente à saúde pública global no século XXI, agravada pela limitada diversidade de classes terapêuticas disponíveis e pela rápida disseminação de cepas multirresistentes. Nesse contexto, a prospecção de novas entidades químicas é uma prioridade. Produtos naturais (NPs) microbianos permanecem entre as fontes mais promissoras para a descoberta de fármacos, destacando-se as actinobactérias como produtoras prolíficas de metabólitos especializados com ampla relevância farmacológica. Paralelamente, biobancos microbianos constituem infraestruturas essenciais à inovação científica, ao preservarem a biodiversidade de nichos ecológicos subexplorados e disponibilizarem painéis de patógenos clinicamente relevantes, permitindo investigações alinhadas às demandas atuais da saúde global. Esta tese teve como objetivo investigar o potencial biossintético de actinobactérias preservadas em biobancos institucionais, por meio da integração entre triagem de bioatividade, metabolômica e mineração genômica, visando à descoberta de NPs com atividade antifúngica. Inicialmente, foi realizada a prospecção de 40 linhagens de actinobactérias provenientes de ecossistemas distintos da biodiversidade brasileira e antártica, depositadas na Coleção Brasileira de Microrganismos de Ambiente e Indústria (CBMAI-CPQBA-Unicamp). A avaliação frente a patógenos fúngicos clinicamente relevantes, pertencentes à coleção do Laboratório de Investigação em Fungos (LIF-FCM-Unicamp), revelou atividade antagonista em 70% dos isolados (28 linhagens). Ensaios quantitativos com os nove extratos mais promissores demonstraram valores de Concentração Inibitória Mínima entre 0,125 e 1,5 mg/mL, corroborando o potencial dos biobancos como fontes de entidades químicas relevantes. A partir desses resultados, a investigação avançou para a caracterização metabologenômica da linhagem antártica Streptomyces albidoflavus CBMAI 1855 e das linhagens marinhas oriundas da biodiversidade brasileira (Amazônia Azul), Nocardiopsis dassonvillei CBMAI 3036 e Streptomyces sp. CBMAI 3038. Para essas linhagens, foram conduzidos o sequenciamento genômico para mineração de clusters de genes biossintéticos (BGCs), análises metabolômicas por UPLC-MS/MS sob condições de co-cultivo com fungo (para elicitação de BGCs crípticos e expansão do espaço químico), além de predições in silico de toxicidade. Essa abordagem multiômica permitiu elucidar o potencial biossintético das linhagens, estabelecer correlações entre perfis metabologenômicos e atividade antifúngica e inferir a viabilidade de aplicação clínica dos metabólitos identificados. Na linhagem antártica CBMAI 1855, foi identificado um consórcio de hits antifúngicos, incluindo antimicina A, fungimicina, surugamidas e ikarugamicina, sendo esta última predita como a mais promissora para desenvolvimento farmacológico. Parte desses compostos foi detectada exclusivamente sob condições de co-cultivo, evidenciando a ativação de BGCs crípticos. Em paralelo, a investigação das linhagens da Amazônia Azul resultou em avanços no conhecimento taxonômico e biossintético nacional. A linhagem CBMAI 3038 foi caracterizada, por meio de análises filogenômicas, como uma nova espécie do gênero Streptomyces. A integração de dados ômicos permitiu elucidar a base molecular da atividade antifúngica: em CBMAI 3036, associada à produção de 1-hidroxifenazina, predita como promissora para o desenvolvimento de fármacos; em CBMAI 3038, associada à biossíntese de puromicina, que, embora não tenha apresentado perfil favorável para aplicação farmacêutica, desponta como composto de interesse para controle biológico na agricultura. Ambas as linhagens apresentaram elevado número de BGCs com baixa similaridade em relação a bancos de dados globais, indicando expressivo potencial de novidade química. Em conjunto, os resultados desta tese evidenciam a descoberta de NPs bioativos com potencial aplicação no desenvolvimento de antifúngicos, demonstram a robustez de abordagens metabologenômicas na prospecção de NPs microbianos e contribuem com conhecimento original sobre a diversidade filogenética e a versatilidade metabólica de microrganismos da biodiversidade brasileira. Este trabalho reforça o valor estratégico do patrimônio genético nacional e o papel central das coleções de cultura como infraestruturas científicas para a inovação na descoberta de fármacos.